Trước năm 1998, chính quyền Việt Nam không có một cơ quan Cảnh sát biển chuyên dụng nào mà chỉ có lực lượng hải quân tuần tra ngoài khơi cùng các hoạt động quân sự khác. Ngoài ra là các đội tàu tuần tra thuộc Bộ Tư lệnh Biên phòng, trong đó có các trạm kiểm soát ở cửa sông, cảng biển. Còn lại, tất cả trách nhiệm tuần tra sông thuộc về Cảnh sát Giao thông đường thủy (Cục Cảnh sát giao thông đường thủy - C68) dưới sự chỉ đạo của Công an các tỉnh và thành phố.

Ngày 28 tháng 8 năm 1998, Cục cảnh sát biển Việt Nam thuộc Bộ tư lệnh Hải quân được thành lập, đánh dấu sự ra đời của Cảnh sát biển Việt Nam. Lúc mới thành lập thì Cục cảnh sát biển chỉ là một Cục chức năng và không chỉ huy các Vùng cảnh sát biển được thành lập sau đó.

Năm 2008, Cục Cảnh sát biển được chuyển về trực thuộc Bộ Quốc phòng và đồng thời các Vùng cảnh sát biển được chuyển về trực thuộc Cục.

Năm 2013, Cục cảnh sát biển đổi tên thành Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển theo Nghị định số 96/2013/NĐ-CP, ngày 27 tháng 08 năm 2013 của Chính phủ. Có con dấu hình quốc huy, là cơ quan mang danh nghĩa trực thuộc Chính phủ Việt Nam. Cảnh sát biển Việt Nam có ngân sách riêng của Nhà nước, có cảnh hiệu, cảnh phục riêng do Chính phủ quy định. Ngày 10 tháng 9 năm 2014, các Vùng cảnh sát biển được đổi tên thành Bộ tư lệnh Vùng cảnh sát biển theo quyết định của Bộ trưởng Quốc phòng.